Bryan Mills (Clive Standen) heeft geweigerd om in opdracht van zijn baas Christina Hart (Jennifer Beals) wraak te nemen op de man die zijn zus heeft omgebracht. In de première van seizoen 2 bevindt hij zich in een geheime Mexicaanse gevangenis, waar hij moet vechten voor zijn leven.

Als het vliegtuig van Bryan Mills (Clive Standen) en een belangrijke getuige in een moordonderzoek (gastrol van Alexander Draper) neerstort, moet de gewonde Mills gebruik maken van de overlevingstechnieken die hij van zijn vader leerde om de elementen te overwinnen.

Een ontslagen werknemer gijzelt een machtige accountant uit wraak voor het pensioen dat hem door de neus geboord is. Als Bryan (Clive Standen) besluit de kant van de gijzelnemer te kiezen, raakt het team raakt verstrikt in een gewelddadige klassestrijd.

Als de koffer met atoomgeheimen van de President wordt gestolen, moeten Bryan (Clive Standen) en het team deze terugvinden voordat er vertrouwelijke informatie over de nationale veiligheid in de verkeerde handen valt.

Santana (Jessica Camacho) moet haar verleden onder ogen zien wanneer een buitenlandse diplomaat die banden heeft met een groep vrouwenhandelaren wordt gekidnapt.

Als de vrouw (gastrol van Amy Ruthberg) van een senator en oorlogsheld (gastrol van Sebastian Spence) wordt ontvoerd, moeten Bryan (Clive Standen) en het team onderzoeken of haar verdwijning het werk is van een buitenlandse mogendheid of van iemand dichter bij huis.