Un conflicto antiguo sale a la luz y Nick da un paso hacia la liberación de su Grimm interno - David Zayas ("Dexter") como estrella invitada.

El cadáver de una víctima de asesinato de hace años aparece junto con la tarjeta del teniente Provenza, lo cual activa la búsqueda del equipo para identificarla y hallar al asesino. Al rastrear la bala hasta un arma pandillera entregada a la Policía hace 15 años, la subjefa Johnson se ve obligada a enfrentarse al padre Jack, un activista político.

Cuando la vida de un niño está en peligro, Ryan se ve obligado a traicionar a Horacio y al equipo.

Cuando el derrumbe de un edificio deja atrapado a un testigo de Mary, el mayor peligro es el francotirador que está en los techos.

El bebé de un comediante mundialmente conocido muere al caer desde el balcón de un hotel, y se comienza a investigar el comportamiento de la estrella con los niños.

Gordon y Bullock localizan a un justiciero que está matando a ciudadanos corruptos de Gotham con globos meteorológicos. Además, Oswald Cobblepot/Penguin (ROBIN LORD TAYLOR) regresa a Gotham.

Gordon y Bullock deben proteger al concejo municipal ya que se aproxima un voto polémico del consejo sobre el futuro del distrito de Arkham y los políticos de ambos lados están en peligro.

Mientras Gordon y Bullock buscan la fuente de una nueva droga callejera que está arrasando las calles de Gotham, Oswald Cobblepot trabaja para entrar más a fondo en el círculo de Maroni.

Cuando Holmes enfrenta cargos criminales a raíz de su comportamiento violento y recaída reciente, su poderoso padre llega a Nueva York para solucionar las dificultades legales de su distanciado hijo cueste lo que cueste.

Gordon busca atrapar a Jack Gruber, un genio desquiciado que se escapa de Arkham. Mientras tanto, Falcone lucha por mantener su imperio después de que Fish Mooney hace su próximo movimiento.

La violencia entre Maroni y Falcone se intensifica y Penguin revela un nuevo elemento de su estrategia manipuladora, obligando a Gordon a cargar con las consecuencias de su decisión previa.

La asignación del Det. Gordon en Arkham Asylum tiene un comienzo difícil cuando un asesinato provoca una investigación, que lo lleva a conocer a la Dra. Leslie Tompkins (MORENA BACCARIN).

Mientras Gordon y Bullock persiguen a un asesino que ataca a víctimas con fobias graves, Fish Mooney revela un secreto de Oswald, causando que Maroni (DAVID ZAYAS) ponga su lealtad a prueba.

Gordon y Bullock salen a detener al Dr. Crane, que ha estado cosechando las glándulas de sus víctimas de asesinato. Mientras tanto, Falcone intenta cambiar el plan de Maroni para Penguin.

Mientras se encuentra en medio de una peligrosa misión en Nigeria, un agente secreto recibe un aviso de despido, lo cual se traduce inmediatamente en una sentencia de muerte para un espía. Tras ser abandonado en Miami sin dinero ni recursos (y perseguido por el FBI), usa su entrenamiento de Operaciones Especiales para descubrir por qué lo despidieron y cómo puede recuperar su vida.

Ogre debilita a Barbara por completo, mientras que Gordon y Bullock lo rastrean. Mientras tanto, Penguin lidera una masacre, y Bruce se entera de la verdad sobre Wayne Enterprises.

En el final de temporada, la guerra de pandillas en Gotham City alcanza su límite, y Fish Mooney se enfrenta a Maroni y Penguin en un intento por recuperar su derecho por la ciudad.

Mientras Gordon y Bullock continúan investigando a Ogre, Bruce y Selina se unen para desenmascarar la corrupción en Wayne Enterprises, y Nygma defiende a la Sra. Kingle.

Mientras Danny y Baez se unen a un grupo de trabajo de narcóticos para rastrear a un proveedor de drogas, Baez entra en contacto con las drogas y deberá luchar por su vida por una sobredosis accidental.

Erin y Frank discuten por la nueva legislación de la Fiscalía que va en contra de las políticas de Frank. Además, Erin no está de acuerdo con el gobernador Mendez (David Zayas) sobre las controvertidas leyes de tráfico sexual.