Cuando los detectives tratan de acabar con una red de tráfico sexual, encuentran la evidencia que necesitan en una investigación sobre terrorismo liderada por el teniente Alexander Eames. El Capitán Cragen está de vuelta en la oficina.
La Teniente Eames regresa para ayudar a la Unidad de Víctimas Especiales, cuando una serie de tiroteos en la Ciudad de Nueva York parece tener alguna vinculación con el pasado del Detective Tutuola en la brigada de Estupefacientes.
En el primer episodio de la tercera temporada, Beecher sigue en el hospital después de que Schillinger lo fracturara. Alvarez sigue en aislamiento por cegar a Rivera. Adebisi vuelve a la cocina y McManus comienza a salir con una nueva comandante.
Nadie sabe quién mató a Metzger. McManus contrata a su amigo Sean Murphy como comandante y crea un programa de boxeo. Hill enfrenta un dilema cuando un nuevo preso revela un horrible crimen. Adebisi le clava a Nappa con una aguja hipodérmica infectada con VIH.
En el programa de boxeo, O’Reily vierte alcohol en la botella de Robson antes de su pelea con Cyril. La madre de Rebadow intenta persuadirlo de ver a su hijo y nieto. Mientras tanto, Nappa descubre que el VIH positivo y es cambiado al pabellón E.
