La historia se desarrollará en la ficticia ciudad japonesa de Sugomori. Un día, una chica llamada Sonosaki le comenta a su compañero Katsugira: “Has sido seleccionado para ser un Kiznaiver”. El Sistema Kizuna, el cual le permite a Katsuhira compartir sus heridas, lo conecta a sus compañeros cuyas vidas y personalidades son completamente diferentes. El Sistema Kizuna es un sistema incompleto para la implementación de la paz mundial que conecta a todas las personas a través de las heridas. Aquellos conectados al sistema son Kiznaivers.
