Genshiken Nidaime

Con la graduación de la mayoría de sus miembros masculinos, el círculo Genshiken reabre sus puertas con Ogiue como presidenta. Ella intenta reclutar miembros, aunque lo único que consigue es reclutar a mujeres fujioshis y a un chico al que le gusta travestirse. Ogiue tiene que adaptarse a estos nuevos miembros para asegurar la continuidad de la Sociedad para el Estudio de la Cultura Audiovisu...

Los nuevos miembros del círculo comienzan a concerse mejor entre ellos y surge cierta tensión entre Hato y Yajima debido a que esta última no termina de aceptar que Hato se vista de mujer, y lo que es peor, que se vea mucho más linda y femenina que ella. Ogiue, que está ocupada con la publicación de su one-shot, deberá lidiar con la problemática relación.

Madarame todavía no ha superado su amor no correspondido con Saki y por eso sigue pasándose por el club, esperando cruzarla algún día. Paralelamente, Hato empieza a pensar en una posible relación con Madarame, producto de haber leído tantos doujinshi de BL.

Las chicas se reúnen para ayudar a que Ogiue termine su trabajo. Mientras están reunidas Hato entra en crisis debido a que le empieza a crecer la barba y no quiere que la vean así vestida de chica. Luego, las chicas asisten al Comifest y venden su doujinshi, y mientras están ahí se enterarán algo desconocido sobre el pasado de Ogiue.

Angela está interesada en Madarame, pero Hato cree que es demasiada atrevida con él. Hato conoce a Kousaka y se ve obligado a revelar sus verdaderos sentimientos por Madarame.

Unos chicos entran al club para ligar con Hato mientras no están Ogiue, Ohno ni Sue, en ese mismo instante aparece el supuesto hermano de Risa al rescate, aunque no es lo que aparenta...