Skye slits mellan sin lojalitet mot S.H.I.E.L.D. och sin koppling till omänniskorna. Coulson avslöjar en hemlighet som han har dolt till och med för sina närmaste.
Coulson och hans team skyndar sig att bekämpa Hives kontroll over de Omänskliga, när deras fiends dödliga plan för människosläktet avslöjas.
S.H.I.E.L.D. står omskakat och försvagat när Hive fortsätter att få over Omänskliga på sin sida. Agenterna Fitz och Simmons följer ett spår som kan stoppa den galne Omänsklige en gång för alla.
S.H.I.E.L.D. sätter allt på spel för att klara av ett krig som suddar ut gränserna mellan vänner och fiender. Coulson och hans team tvingas att göra chockerande uppoffringar.
När de motvilligt har delat med sig av information till Rosalind och ATCU, börjar Coulson och teamet att söka efter den Omänsklige som dödar andra Omänskliga.