Agenterna Garrett och Triplett återvänder för att hjälpa Coulsons team att spåra S.H.I.E.L.D:s värsta fiende - den synske. Men kommer Deathlok att döda dem alla för att skydda sin mästares identitet?
Coulson och hans team vet inte vem de kan lita på, och upptäcker att de är fast i en fälla med en förrädare ibland sig.
Coulson går till attack för att rädda Skye - och tar hjälp av Wards exkollega, John Garret (Bill Paxton) - och avslöjar skakande sanningar om sitt eget liv och S.H.I.E.L.D.
Nu när överste Talbot är Coulson och teamet på spåret måste de ta skydd på en plats där ingen skulle leta efter dem. Där börjar de avslöja S.H.I.E.L.D:s farligaste hemligheter - hemligheter som skulle kunna betyda slutet för dem alla.
I det sista avsnittet före den stora säsongsfinalen avslöjas Wards svek och HYDRA:s chockerande hemligheter när Coulsons team jobbar undercover med ett uppdrag som ingen går helskinnad ur.