儘管西雅圖恩典的工作人員做出了最大的努力，但緊急情況事態仍在升級：胸口有炸彈的患者還在柏克的手術室裡，貝莉受了重傷的丈夫仍由德瑞克治療。與此同時，貝莉仍然沒有完成生產。在遠離炸彈的地方，理查的壓力越來越大，導致他疑似心臟病發作。

一場嚴重車禍的讓一家人來到西雅圖恩典醫院，亞力克發現他們的傷勢僅僅是問題的開始；韋伯醫生從腦部手術中恢復過來，他的妻子似乎對他們的婚姻狀況有一些擔憂。

梅若迪絲自願負責急診室一晚，希望證明她是總住院醫師的料；貝莉和伊萊搞起了惡作劇；阿黛爾來到醫院治療。

貝莉提議建立一個免費診所；西雅圖恩典的醫生收到了一份提案。

西雅圖恩典的醫生們幫助伊茲應對失去未婚夫丹尼和她退出實習計劃的決定；梅若迪絲在與德瑞克的醫院聯絡後必須決定未來的發展；主任在辦公室過夜後遭到妻子阿黛爾的質問；佐治從令人驚訝的源頭尋求感情建議。

本季結尾的第一部分：伊茲和佐治照顧丹尼，同時為他尋找新的心臟的壓力越來越大；克莉絲汀娜突然需要負責急診室；德瑞克正在與病魔作鬥爭，因為他意識到朋友的生命正掌握在他手中。

在《實習醫生》兩小時的季終集中，梅若迪絲和德瑞奇的臨床試驗只剩最後一次成功機會，其他外科醫生一起努力將一個男孩從硬化的水泥塊中解救出來；伊茲幫助亞力克照顧生病的麗貝卡；萊西發現了關於佐治的實習生身分的關鍵信息。

梅若迪絲把熟睡的佐拉放在床上，她開始想，如果她的母親沒有患老年痴呆症，而她又有充滿愛和支持的父母，她的生活會是什麼樣子？幸福的梅若迪絲葛蕾，改變了我們所知道的西雅圖恩典的世界。如果她沒有在那個酒吧裡遇到德瑞克，而他也沒有和艾蒂森分開呢？如果凱莉和歐文在她遇到亞利桑那之前就已經成為一對，會怎樣？如果貝莉從未從溫順的她成為現在這樣呢？

理查為一對爭吵不休的姊妹做了他的第10000次手術，她們來到醫院進行肝臟移植；德瑞奇和萊西接手了一個以前被認為無法手術的神經母細胞瘤病例；泰迪和克莉絲汀娜違背歐文的命令，試圖從亞力克和麥奎恩醫生那裡偷走一個病例，這就越界了；愛麗絲葛蕾的陰影在梅若迪絲摸索專業領域時隱現；阿黛爾被發現在街頭遊盪後被送進醫院。

實習生們參加了他們職業生涯中最大的考驗，第一年的醫學考試；住院醫生們照顧三位受傷的登山者；凱莉對佐治和伊茲的疑心越來越重；克莉絲汀娜努力地準備她的婚禮誓言。

克莉絲汀娜和柏克的婚禮到來了；實習生們知道了他們的考試成績；新的主任產生；凱莉和佐治對他們的關係做出了決定。

伊茲追問佐治的個人生活細節；艾蒂森就一個敏感病例向亞力克發難，柏克治療他的音樂英雄。

梅若迪絲的生育治療開始影響她的視力；馬克與凱莉和亞利桑那談論他作為一個父親的角色。

山姆夢到關於他們老家的惡夢，兄弟倆回到堪薩斯州勞倫斯進行調查。

在一次取證中得知他的病人中死亡比健在的多，德瑞克決定退出，即使梅若迪絲拒絕放棄他。

理查試圖讓阿黛爾參加德瑞奇和梅若迪絲的老年痴呆症試驗；亞利桑那和馬克為凱莉策劃准媽媽派對。

歐文招募了一位伊拉克戰爭的老兵作為新的心胸外科醫生，但克莉絲汀娜質疑新醫生的能力；伊茲與她的高中導師一起回來治療痴呆症。

主任的妻子把他們的侄女帶到了醫院，那是她曾經舉行畢業舞會的地方；伊茲向一個共同的朋友透露了她對佐治的感情，而朋友的反應並不是她所期望的；德瑞奇教克莉絲汀娜如何成為一個更好的教學住院醫生；世界上最老的實習醫生諾爾曼誤診了梅若迪絲的一個病人。

護士們反對惹火先生的偷情行為，導致了新的上報戀情政策的出台；柏克最新事業成就的消息迫使克莉絲汀娜面對她對前任的感情；梅若迪絲和德瑞克將一名老兵納入他們的臨床試驗；凱莉在需要時求助於斯隆。

貝莉把她的婚禮擱置，繼續努力挽救阿黛爾的生命，克莉絲汀娜和歐文對他們是否離婚仍然沒有做出決定，而亞利桑那和凱莉則試圖找回她們的火花。同時，在一場可怕的事故之後，醫院被一群機車騎士淹沒。