Alguna vez símbolo del poderío humano, artífice de la genialidad científica y promesa de un futuro glorioso... hoy, una decadente ciudad, presa de la violencia, discriminación y contínua lucha de clases... bienvenido a la primer ciudad humano-artificial... bienvenido a Lu-9-Su [Lucks]. Sumergida en lo más profundo del espacio y lejos de cualquier autoridad oficial, el control de Lucks recae en Organ, grupo autoritario que siempre ha favorecido a los más privilegiados. En medio del caos, Ichise se gana la vida como boxeador callejero; habiendo perdido a sus padres en una sangrienta redada policial, Ichise vive con gran rencor hacia el sistema. En una ocasión, después de ganar una pelea en la que no debería haber salido triunfante, Ichise es golpeado brutalmente por una pandilla rival, perdiendo ambos brazos y ciertos órganos de su cuerpo; contra su voluntad, el joven es sometido a un costoso tratamiento regenerativo: la implementación de miembros orgánicos artificiales, también llamados Texhnolyze. Creados a base de Lafia, extraño material que sólo se encuentra en Lucks, Texhnolyze es considerado un lujo extremo por los habitantes de la ciudad, digno sólo de las clases más altas; y ahora Ichise, con gran odio a si mismo por haber sido salvado por el sistema al que tanto aborrece, pierde sus ganas de vivir... hasta su encuentro con Ran, una misteriosa joven que decide ayudarlo y en cuyas visiones se predice el terrible destino que le aguarda a Lu-9-Su, antes de su destrucción total...