No ano de 2065, o caos e destruição rondam a Terra. Um meteoro atingiu o planeta e lançou ao longo da superfície milhões de alienígenas, cujo objetivo é extinguir toda a vida terrestre. A Dra. Aki Ross é uma cientista que foi infectada de forma letal pelos invasores, mas tem a chave para descobrir o ponto fraco de seu oponente. Agora, com a orientação de seu mentor, Dr. Sid, e a ajuda do esquadrão militar Deep Eyes, a Dra. Ross busca salvar não apenas o planeta Terra, mas também a si mesma.
