Les jeunes ninjas affrontent des tribus de serpents, menées par Pythor, dangereux et manipulateur, libérées par le fils du Seigneur des Ténèbres.

Tandis que les ninjas cherchent un dojo pour entraîner Lloyd, Lord Garmadon brandit l'arme suprême qui réveille d'effroyables pirates.

Les ninjas transforment un vieux moulin en une forteresse pour se protéger.

Les ninjas doivent à tout prix se rendre aux deux derniers tombeaux avant Pythor. Ils n'ont plus le plan des repaires mais grâce à Nya, ils arrivent tout de même à s'y rendre. Ils s'aperçoivent que Pythor est déjà passé avant eux.