Un potentissimo Pokémon di nome Mewtwo, clonato da Mew, fugge dal laboratorio che gli ha dato la luce e decide di dimostrare a tutti la propria superiorità. A tale scopo, invita alcuni Allenatori di talento a partecipare a un evento senza precedenti. Naturalmente, Ash è in prima fila! L'interesse di Ash si tramuta in paura e rabbia quando Mewtwo rivela il proprio piano di dominio che prevede tra l’altro creare cloni potenziati dei Pokémon degli Allenatori invitati. Nonostante le proteste di Ash, Mewtwo rifiuta di credere che i Pokémon e gli esseri umani possano essere amici. Tuttavia, colpito dalla determinazione del giovane Allenatore e dall'amore dei suoi Pokémon, Mewtwo potrebbe dover rinunciare ai suoi piani, specialmente dopo essersi scontrato con i poteri del misterioso Mew!