シーズン第1話。伝説的なジャン=リュック･ピカードのかつてのクルーである、クリストバル･リオス、セブン･オブ･ナイン、ラフィ･ムジカ―、アグネス･ジュラティ博士が銀河に脅威を与える空間の異常を発見し、宇宙艦隊はピカードに再び助けを求める。
全国制覇を果たしたグリークラブは一躍人気者になり、新メンバーのオーディションに応募が殺到する。すばらしい歌を聴かせた転校生のマーリーが合格。歌は上手いが、態度が悪く落とされてしまったジェイクは、実はグリークラブと意外な関係があった。
第２シーズンの最終話、エウロパ計画のシャトル打ち上げまで数時間、ピカードとクルーの未来を救う作戦は、時間との争いになる。
ビーストの顔にあるアザを見てからかうサンタナたちの言葉を聞いたスーは、女性の強さを歌った曲を課題に出す。それを聴いたビーストはスーに真実を告白する。一方男子たちは世界史の追試を受けるパックのために一緒に猛勉強。だが結局落第点だったパックは激しく落ち込む。
スーは、地区大会で敗退したグリークラブに追い打ちをかけるように、音楽室を奪ってチア部の練習場所にする。全国制覇の夢に破れた上、音楽室や講堂からも追い出されたグリー部のメンバーたちはすっかりやる気をなくし、マーリー以外は全員が別の部に入ってしまう。
