海兵隊員の妻が2人射殺され、ギブスのチームが捜査に乗り出す。被害者の女性が共にアジア系であったことから、ギブスは人種問題が関係しているのではないかとにらむ。
中世の予言者が書いたコードの続きが、スペインの自動車博物館にある2枚目のスケッチに書かれているらしい。シドニーはケースごと確保するためスペインへ飛び、博物館のパーティーへ。そこでロシアのスパイ組織、Kディレクトレートのアンナが現れ、対決する。
事態は落ち着いたかに見えたが、ジャックスの状況は急激に変わってゆく。
魚市場で爆破事件があり2人が死亡する。犯行現場にいたDEAの潜入捜査官タリアから話を聞いていると突如倒れ、足から猛毒の魚のトゲが見つかる。事件当時の監視カメラの映像は消去されたため爆発物を置いた人物は不明なままだがタリアに魚の毒を盛った男は映っていた。一方、アフガニスタンではケンジーがホワイトゴーストを狙撃しようとしていた。
シドニーはランバルディが設計した時計の修理の為、イタリアへ。その後、SD-6で「黄金の太陽」をその時計にはめてみると星図が現れる。そこに示されたアルゼンチン国境の山に向かうシドニー達は、その地下でランバルディの日記を発見。だが、再びアンナが現れる…。
