1941年2月。イギリスはドイツとの戦争で優位に立つため、情報工作を担う組織を設けていたが、人材や兵器の配分などを巡って部局間で対立していた。そんな中、特殊作戦執行部の工作員ウイリアム・メッシンジャーが爆弾自殺をする。この自殺には不可解な点が多く、疑問を抱いたフォイルは、ウイリアムの父で秘密情報部の大物サー・ジャイルズを訪れる。彼は息子が所属していた部局を目の敵にしていた。フォイルはウイリアムが働いていた「丘の家」と呼ばれる施設に立ち入り、捜査に乗り出す。
ある夜、教会の祭壇の前でウィル・マキューアンが自殺する。祭壇には"学びの園"という団体の紙片が置かれていた。その後"学びの園"の主催者たちが次々と殺害され、"炎に生まれる命"というメッセージがすべての現場で発見される。 (C)ITV Productions Ltd.2007
ロンドン下町の連続レイプ事件。被害女性たちは車で通勤途中、軽食販売車で買ったコーヒーで眠りに落ち、車内で暴行されていた。同じ頃、市場の青果商キャシーが車内で不審死。その体内からはコーヒーと睡眠薬が見つかる。両事件の接点を探る未解決事件専門の捜査班UCOS (ユーコス) は、驚きの真相に直面する。一方、折り合いの悪い母の訪問に、ロンドン警視庁の女性警視でUCOSのサンドラは四苦八苦するが…。
政府の決定の前に、トーチウッドになす術はなく、グウェンは一人奮闘する。世界は混乱状態に陥り、住宅街では暴動が起こる。そして人類の未来が今 決まろうとしていた。
ついに1965年に起きた出来事の真相を知ったトーチウッド。英国への国際的非難が高まる中、ジョン・フロビシャーは“456”との交渉に臨む。そこで明かされる“456”の真意とは・・・。
