デズモンドの3年前。フィリピンに入港していたところでペニーが産気づき、男児が生まれる。オックスフォード大ではファラデーの存在は抹消されていたが、それは「あの女の子」にひどいことをしたせいだと分かる。島では、ソーヤーたちが捕らえた二人が「他のもの」であることが判明。ジュリエットはリチャードに会わせるよう要求する。
朝、ある建物の中でチャン博士が「ダーマ・オリエンテーション・フィルム2」の撮影を進めていると、作業員らしき男が駆け込んできてオーキッド基地で問題が起きたと知らせる。現場に駆けつけると、削っていた岩の奥に何かがあるらしいと分かる。博士は“破ってはいけないルールがある。何もするな”と言うが…。
1800年代、島にはジェイコブと彼の敵がいた。近づくブラック・ロック号を呼び寄せたのはジェイコブだとその敵は言い、いつか抜け穴を見つけて殺したいと言って去る。幼少時のケイトやソーヤーのもとにジェイコブは現れていた。さらにサイードの愛する女性ナディアが殺される現場や、ジンとサンの結婚式にも彼は姿を現し、それぞれの手に触れていた。
若い頃のベンがルソーからアレックスを奪った時のことが描かれる。ウィドモアはベンにルソーを殺すよう命じるが、赤ん坊に気づいたベンは赤ん坊を取り上げルソーを殺さずに戻ったのだった。島に戻る前、ベンはウィドモアに復讐するため、ロスのヨットハーバーでデズモンドを撃ち、ペネロピを殺そうとする。だが彼女の幼い息子を見て…。
ベンに撃たれたデズモンドは病院へ運ばれ、心肺停止状態に。処置を待っているペニーのもとに「事故は息子のせい。謝りに来た」とエロイーズが訪れる。デズモンドは一命を取り留め、エロイーズが病院を出ると、外にはウィドモアが。「娘との関係も犠牲の一つ」と言ってペニーと会うことを拒否するウィドモアに対し、「私も自分の息子を送り出した」とエロイーズは言い返す。