ライトマンとトーレスは、更生したと言い張る獄中のギャングリーダーを尋問する。リーダーは、もし自由になったら市中の暴力に立ち向かう助けとなるのか、それとも元の犯罪の人生に戻るのか。フォスターとローカーは職務中に命を落とした消防士の死を調査する。
不審な貨物船を調べていた沿岸警備隊員が何者かに殺される。NCISチームは捜査に乗り出すが、誰もいないはずの船内で発見したのは、アメリカへの亡命を求めるレバノン人の家族だった。一方、トニーとマクギーはギブスにピッタリの女性を探そうとする。
通りすがりの車から突然銃が乱射され、母親と公園にいた6歳の少女ケイラが死亡する。やがて、事件が未解決のまま20年近くたったある日、フィラデルフィアの銃回収プログラムで、凶器となった銃が発見された。持ち主を辿り始めたリリーらは、事件の悲しい顛末を知ることになる。
ニューヨーク動物園で獰猛なトラが人をかみ殺した事件を捜査中の捜査班は、犠牲者が所有していた精肉会社の従業員に話を聞く。