疲労困憊でオペに立ち会ったメレディスは、自分のミスがオペに影響したのではと気を病む。しかし医師への道を絶たれることを恐れ、なかなか言い出すことができない。イジーはボーイフレンドのためにホームパーティを企画するが、事態は思わぬ方向へ。一方、アレックスは、鎮痛剤の中毒になった患者の対処をまかされることになる。
若い男女の銃殺体が車中で発見され、刑事バドは心中事件と決めつけたが、ミーガンは被害者の男デーヴが左利きであった事を見抜き、銃を右手に持っているのは不自然と反論した。そして頭に２発の銃弾が発見されると殺人事件として捜査は開始されたが、刑事バドのチーム、ミーガンとピーター、検死局の同僚イーサンとカーティスは、それぞれ別の容疑者を追い始めてしまう。
アビーが国土安全保障省のシンクタンクに参加。警備テスト用の偽爆弾はなぜか本物にすり替わっていた。NCISの捜査により、シンクタンクのリーダーが殺され、テロ対策用のシミュレーションデータが盗まれたことが明らかに。2話にわたるクロスオーバー特別エピソードの前編。
1年後。シモンズとデイジーたちは、宇宙でフィッツの行方を捜し続けていた。彼女たちはフィッツの船の情報を持っていると思われる異星人トロクと接触し、フィッツの低温凍結カプセルを発見するが、その中は空っぽだった。一方、地球ではマックを長官として新たにシールドが始動。彼らはインディアナ州の公園で異空間に通じる扉が開いたと聞き、駆け付ける……。
サージに捕らえられたメイ。サージを見るとどうしてもコールソンと過ごした日々を思い出してしまうが、現実に立ち返り攻撃を仕掛ける。一方、イノックはフィッツをさらわれ自己嫌悪に陥っていた。シモンズたちが彼をさらったハンターの行方を捜していたところ、彼らの乗る宇宙船が船団に包囲される。乗り込んできたクロニコムのアタラは、自分たちの星が滅ぼされてしまったと言い……。
