病院の前でモーガンと談笑していたサヴァンナが何者かに狙撃され、すぐさま救急入口から手術室に運ばれる。弾の角度から見てサヴァンナとおなかの子どもは自分の身代わりになったと悩むモーガンに、ホッチは捜査を離れるよう命じる。しかし、狙撃犯がBAUへの通報に使った公衆電話から「赤が見えるか」と記されたメモが発見されると、その内容には心当たりがないと言いながらもモーガンはひとり犯人の待つ場所に向かう…。
リチャードの発案でレジデントの配置がシャッフルされる。ジョーはメレディスの助手になるが、ろくに指導してもらえない上に名前を間違って呼ばれ続けてうんざりする。アメリアの助手になったペニーは自動車事故で頭蓋内出血のあった男性を担当するが、モニターだけ見ていろと言い渡される。ベンはアリゾナのもとで四つ子を身ごもった税理士の女性を担当。しかし、まだ23週にも関わらず赤ん坊のうちひとりが生まれそうで…。
操車場に置かれた不審な車から、女性の変死体が発見された。被害者は天文物理学者のマリー･スバラオ。顔は今にも破裂するほどに膨れ上がり、検視官のラニは車内で宇宙空間と同じゼロ気圧にさらされた“爆発的減圧”による死亡と断定。その直後、キャッスルは車内から宇宙人の誘拐に関する本を見つけ出し“宇宙人が誘拐中に殺した”と想像を巡らせる。すると、被害者の鼻腔から謎の金属も検出されたという。そして遂には、キャッスルとベケットの前に政府組織が立ちふさがり!?
NCIS捜査官が死亡。ギブスとトニーは砂漠に行き、謎の答えを知る女性を捜す。
西暦2000年が迫り、モルダーとスカリーはミレニアム組織の元メンバーであるフランク・ブラックを探し出す。フランクのかつての仲間たちはゾンビになっていた。
