トロンとの訓練は、ベックがパトロールに捕まってしまい、ゲームで戦わなくてはならずコロシアムへ送られたため中断される。そこで、ベックは反逆者のアクションに触発された凶暴な兵士、同じく因人のカトラーに会う。自分と同じく自由に情熱をもつ彼に刺激され、ベックとカトラーは危険なディスクゲームを勝ち上がっていく。一方ゼッドとマーラは夜の街をさまよっている間、魅了されたゼッドが邪悪なプログラム、パールに誘われ、トラブルに巻き込まれる。
ベックとカトラーはゲームで戦い勝ち続け、驚くべきパワーと知名度を上げる。そこで、支配者たちはやむなく、強硬処置を図る。ベックとカトラーは生き延びるために大胆な脱出をしなければ、テスラーに消されてしまう。一方ゼッドとマーラは、エイブルがとても大切にしていたライトサイクルを盗んだパールを探している。
ベックは、支配者たちの行うエネルギーの発掘における破壊パワーがグリッドを揺るがしアルゴンの街を破壊する前に、食い止めなければならない。ベックが発掘地の真下のトンネルでゼッドと他のプログラムたちがアルゴン・レースをやっているのに気づくと、友人とアルゴンの街を救うため、時間との闘いになる。一方ペイジは反逆者を阻止するため派遣される。
ベックのIDディスクが奪われ、彼の記憶が消え始める。彼の記憶が永遠に消えてしまい、自分が何者か分からなくなるなる前に、彼とトロンは犯罪に満ちたアルゴン・パークに潜入し、ディスクを取り戻さねばならない。ラックスという謎めいたプログラムがトロンとベックを、複雑で恐ろしい犯罪ギャングがいる世界パーゴスへと導く。トロンとベックは支配者たちの手中に落ち、ベックの化身「反逆者」の本性が露呈する前に、ディスクを見つけなければならない。
反逆者ベックはテスラーの基地から貴重なデータ・キューブをうまく盗み、シミュレーションの海の上を飛行機で逃げる。だがペイジが反逆者を狙い、空中戦となり、二人とも孤島に墜落。 さらにその衝撃で島が崩壊し始め、2人はやむなく力を合わせて脱出を試みることに。そんな状況の中、ペイジは支配者たち兵士になる前の過去の出来事を思い返す。 ペイジはかつてクオラというプログラムと知り合いで、支配者たちから逃げ出したところをペイジの故郷でかくまっていたことを明かす。
ベックは、着装すればどんなプログラムもパワーとスピードをアップさせられるが、同時に暴力的で無謀にさせる秘密兵器を見つける。 トロンはベックにその兵器を破壊するよう命令するが、彼は密かにトロンに背き、自分のものにする。兵器を付けたベックはテスラーの基地で彼を臆面もなく攻撃する。これを受けて支配者たちが反逆者の手中から取り上げるべく、プログラムを人質にすことに決めたため、ガレージの人員全てが危機にさらされてしまう。
イライジャ・ウッド
Beck
トリシア・ヘルファー
The Grid
ブルース・ボックスライトナー
Tron
ポール・ルーベンス
Pavel
ランス・ヘンリクセン
Tesler