海軍中将のパソコンがランサムウェアに感染。彼はマクギーとNCISチームに、データが消去されてしまう前にハッカーを突き止めるよう要求する。クインは母親のマリー (マーセデス・ルール) から緊急メールを受け取り、実家に戻る。
ギブスがトニーの父親に殺人の捜査への協力を頼み、チームは驚く。
ピーターとマットが未知の場所へと送り込まれ、狙撃犯の正体が明らかに。能力が一部復活したサイラーは、パワーを授かるためにクレアを訪れることを決意。その頃ヒロとアンドウは、一族の秘密を守るために奔走していた。
過去の過ちを正すために、進みだそうとするヒロ、トレイシー、ベネット、ネイサン。しかし、それが、あるヒーローの命にかかわることに…。
自分たちを取り巻く猛威がやがて訪れる大惨事をにおわせる中、息子ピーターと対峙するアンジェラ。サイラーは、カンパニーに対して主要施設を攻撃すると宣戦布告。クレアは思いがけず新たな能力に気づく。