ギブスがトニーの父親に殺人の捜査への協力を頼み、チームは驚く。
海軍中将のパソコンがランサムウェアに感染。彼はマクギーとNCISチームに、データが消去されてしまう前にハッカーを突き止めるよう要求する。クインは母親のマリー (マーセデス･ルール) から緊急メールを受け取り、実家に戻る。
1964年、ヒラリーは女児を出産した翌日、何者かに殺害された。当時高校生だった彼女は、世間体を気にする両親により、未婚の母の出産と養子縁組を密かに行う施設に匿われていた。遺された女児は養子に出されたが、30年後、実の母の存在を知り、改めて捜査を依頼する。
ピーターとマットが未知の場所へと送り込まれ、狙撃犯の正体が明らかに。能力が一部復活したサイラーは、パワーを授かるためにクレアを訪れることを決意。その頃ヒロとアンドウは、一族の秘密を守るために奔走していた。
自分たちを取り巻く猛威がやがて訪れる大惨事をにおわせる中、息子ピーターと対峙するアンジェラ。サイラーは、カンパニーに対して主要施設を攻撃すると宣戦布告。クレアは思いがけず新たな能力に気づく。
