ホテルの女性従業員が殺害され、CBIが捜査に乗り出す。だが、そこにFBI捜査官たちがやって来ると、2つのチームは捜査方法を巡って真っ向から衝突する。そんな中、パトリック･ジェーンは、ローレライ･マーティンズとレッド･ジョンの接点を、独自の方法で密かに探るが、CBIとFBIの争いに巻き込まれてしまう。
ブレット･スタイルスの援助を得て、ジェーンは、ローレライの脱獄という困難な計画を成功させる。そして、これが“逃亡ではない”ことを示すために、ジェーンは、逃亡前にローレライに“誘拐された”ように見せかける。リズボンたちが、ジェーンの救出を急ぐ中、ジェーンは、ローレライから信頼を勝ち得て、レッド･ジョンに近づこうとする。
ジェーンはついに、レッド･ジョンである可能性の高い人物を7人に絞り込む。だがそれを見透かしたかのように、遊園地の女性従業員がモーテルで殺害される。彼女は、ジェーンの昔の知り合いだった。CBIチームは、犯人と、事件当時に連れ去られた赤ちゃんの行方を探る。女性の殺害は、レッド･ジョンからのメッセージなのだろうか。ジェーンに戦慄が走る。
ローレライが女性を殺している映像が発見される。そして、ジェーンはついに、かつてローレライを誘拐したのは自分だったとリズボンに打ち明ける。リズボンは怒りを爆発させ、今後はすべての情報を共有することをジェーンに約束させる。そんな中、ジェーンが被害者について調査を進めると、死んだローレライの妹と被害者に接点が見つかり、事態は思わぬ方向に展開する。
レッド･ジョンとの対決にまたしても敗れ、どん底まで落ち込んだジェーンは、ラスベガスのクラブで今日も酔っ払っている。だが、そんな情けないジェーンをいたわってくれる新しい恋人が登場する。一方、ジェーンが去ってからそろそろ半年になるCBIでは未解決の事件が少しずつ増えていた。そんななか、ジェーンをCBIに戻そうとリズボンがボスに提案した直後、ジェーンは元同僚の一人を撃ってしまう。波乱に満ち、予想もつかない展開の連続、フォース･シーズン･フィナーレ。
