ブレナンとブースは、上院議員と有力なビジネスマンが犠牲となった列車事故の調査に乗り出す。一方、ブレナンの母殺害の容疑者であるマクビカーが獄中死を遂げ、父親の行方を知る唯一の手がかりを失ったブレナンは途方に暮れる。
1週間で2人の被害者を昏睡させ右脚を切断する事件がニューメキシコで発生した。1人目の被害者は切断中に死亡し、2人目の被害者トニーはモーテルで発見され一命を取り留めた。ロッシはトニーの記憶をよみがえらせ、誰かの車庫にいたことを思い出させた。そんな中、3人目の被害者が病院にたどり着いた。彼の右脚は切断され、他人の脚が移植されていた。脚に使われたインプラントから犯人は車庫に医療設備を備えた医療関係者ではないかと推測された。一方リードは、ある謎の女性と連絡を取っていた。
CTUはガスに汚染され、多数の死者を出した。ジャックらは限られた安全区域で身動きが取れずにいる。そんな中、警報が鳴り響く。ガスに酸が混合されており、安全区域の壁を腐食し始めたのだ。ガスが室内に侵入してくるまでに残された時間は最大で20分。ジャックらは辛く非情な決断を迫られる。一方CTUがこれ以上機能出来ないと判断したローガン大統領は、組織を再編し、国土安全保障省のカレン・ヘイズにCTUの指揮を執らせることを決断する。
ヘンダーソンに逃亡された一方で、CTUは新たな手掛かりを掴む。コレットという情報ブローカーとビエルコとの接点が浮上したのだ。ジャックとカーティスはこの女の滞在するホテルへ急行する。一方ローガン大統領は副大統領の提案通り、LA全域に外出禁止令を発令する。そして、アーロンはパーマー元大統領の弟ウェインから突然の電話を受け、人目につかない場所で隠密に会いたいと打診される。その切羽詰った様子からただ事ではない様子を感じ取るが......。
CTUへ進入するためのキーカードがテロリストの手に渡った。ビエルコの次の狙いはCTUだったのだ。だがそのCTUにジャックが呼び寄せたキムが到着する。ジャックは取り押さえたヘンダーソンを尋問するためCTUへ帰還し、キムと再会するが、1年半もの間死を偽ってきた事を責められる。そしてその間にもテロリストらは着々とCTUへのガス攻撃の準備を進めていた......。一方、ガードナー副大統領はLA全域に戒厳令を敷くべきだとローガン大統領に提言する。
