ホームズと旧知の仲の数学者ハーランが、ある女性の失踪への関与を疑われた。ホームズとワトソンはハーランのためにも彼女の発見を急ぐ。
チームは夜間に博物館で柱の腐食を調査するが、武装集団が核兵器のために隕石内のタンタルを狙う。移民局がウォルターとハッピーの結婚の事実を精査する。
大統領選挙の当日、何者かが選挙を大混乱に陥れようとしたことからアメリカの民主主義に危機が訪れる。
ハロウィンを控え、スコーピオンは広大な洞窟へコウモリの救済に向かう。一方で彼らは移民局の調査に備え、仮装をして過去のハロウィンの写真を偽装する。
16歳の少女カレン･レイがレイプ被害を訴えた。チャット･ルームで知り合った“ヨットマン”と名乗る男にレイプされたという。しかしカレンの証言はあいまいで、やがてレイプは恋人キースとのSEXを母親に隠すための狂言で、ヨットマンはカレンがふざけてメール交換していた相手にすぎないと判明する。しかし捜査のために押収したカレンのパソコンからヨットマンの怪しい行動やキースとの意外な関係が明らかになっていく。
