DCで開催されたイベントで爆破事件が起き、NCIS関係者にも死傷者が出る。この事件をきっかけに、パーソンズはギブスやチームに対する見方を改める。一方、バッジを返上したディノッゾとマクギーは、命を狙われながらも独自に事件を調べるが…。今、シーズン11の幕が上がる。
必ずジヴァを見つけると決意したトニーは、彼女の居場所を突き止めるため、手掛かりを追ってイスラエルへ。ギブスたちは引き続き、力を増していくパーサのテロ組織を追う。
ロシア新興財閥のソコロフと電話していた銀行員ネルソンが追突事故で死亡する。2人は暗号を使って会話しており、現場に逃走車のブレーキ痕がなかったことから、単純な事故ではないと見てサムがネルソンの銀行に潜入することに。一方、ケンジーとディークスはソコロフの計画を探るためにアルカディを訪ねる。さらに何者かがカレンの偽名を使ってクレジットカードを作ったことから、カレンとネルは2つの事件の関連性を探る。
ついに再会したフックとエマ。ヒーロー達とストーリーブルックに戻るため、ハデスを倒す方法を見つける必要があった。そこへリアムが現れて手がかりを示す。ハデスのことを書いた物語の本があるかもしれないと言うのだ。ヘンリーは自分も活躍したいと焦り、事態を作者として収拾しようとしていた。だがハデスはリアムに命じて“お話の本”のあるページを破らせており…フラッシュバックではリアムが黄泉の国へ留められた理由が描かれる。
ロシア人女性のヴラドレーナがアルカディにメールを送ったあと失踪する。彼女の弟であるソコロフはアメリカの銀行を通して資金洗浄を行っていた過去があり、アルカディはかつて捜査に協力したヴラドレーナに危険が迫っていると主張。そこでカレンたちはソコロフとヴラドレーナの行方を追うが、捜査中に思わぬ人物と出くわす。一方、銀行内の捜査協力者をソコロフから守るために、エリックが修理業者として銀行に潜入することに。
