ドルアーガの塔

ドルアーガ討伐から半年…。討伐の手柄はギルガメス王のものとなり、真実を知る登頂者たちはそれぞれ日々を過ごしていた。ジルはニーバとカーヤが「幻の塔」に消えたショックから引き込もりの日々を過ごしている。そんな彼を、時にやさしく時に厳しく見守るファティナ。ある日二人は軍隊に追われる少女カイと出会う。

謎の少女は自分をカイと名乗る。カイとは、イシターの巫女にして、死んだはずの王妃と同じ名前。ジルは「幻の塔」に入れるというカイの言葉を信じ、再び登頂の準備を始める。そんなジルに反発するファティナ。そこにカイをつけねらう黄金騎士団団長ウラーゴンが現れる。ジルたちは包囲網を突破することができるのか…。

金剛の宮でジルたちを待っていたのは、スキーリゾートの経営者として成功したメルトだった。リッチになったメルトは軍とのつきあいを優先して、カイをウラーゴンに引き渡し、ジルたちを牢屋に閉じこめる。一方、リゾートのバックヤードでは、メルトにこき使われているローパーたちの大脱走計画が静かに進行していた。

カイと共に天空の宮に到着したジルたち。彼らを追う黄金騎士団とメルト、クーパも時をおかず天空の宮に入る。そこに待ち受けていたのはまたも邪神ドルアーガだった。再びドルアーガと戦うジルは、戦いの最中、大人の姿となったカイから謎の全てを知らされる。カーヤが何を望んでいたのか。どうして自分は裏切られたのか…。

幻の塔の頂点にいるのはギルガメス王の影。その存在が現実のギルガメス王にも悪影響を及ぼしているという。ギルガメス王の影を倒すために、幻の塔の最上階を目指すニーバとカーヤ。二人を追うジルたちは、黄色い空のフロアへと足を踏み入れる。そこは影のモンスターが次から次へと襲いかかってくる恐ろしいフロアだった。

熱帯雨林のフロアで、グレミカ配下の暗殺者に狙われるジル。そこに新たな刺客が現れる。一方、湖のフロアを行くニーバとカーヤも別の刺客に襲われる。刺客の正体は、かつてドルアーガに仕えた四騎士の魂を持つ四人の人工戦士。ニーバがピンチに陥った時、カーヤが強力な魔法を使うが…。