墨田（笹野高史）がなじみのクラブ『和子』のママ（山下容莉枝）から受け取ったのは、都内に仕掛けられた九つ目の芋羊羹。しかも、本物の爆弾だった。爆弾を手に動くことができない墨田を横目に、ボイスチェンジャーを通して話す犯人と交渉を開始する玲子（米倉涼子）。

年商二千億の大企業トップの息子・本橋和馬（岡田将生）が何者かに誘拐された。玲子（米倉涼子）らSITのメンバーは和馬の自宅へと急行。母親の芳江（山口美也子）は誘拐を知らせる犯人からの電話をとっさに録音していたが、その女性の声には聞き覚えがないという。その中の「探さないで」という表現に疑問を抱く木崎（筧利夫）。営利目的の誘拐ではないのだろうか？

飯塚（大東俊介）という青年が何者かに殺害された。飯塚は5年前に機動隊員だった玲子（米倉涼子）の父・修次（陰山泰）が殉職した立てこもり事件で、真里谷（城田優）と共に逮捕された少年グループの一人だった。新聞記事で事件を知った玲子は、一般人を装って飯塚が殺害された現場へと向かう。そこには、新聞記者の工藤（伊武雅刀）の姿もあった。

弁護士の野口（平泉成）から呼び出された玲子（米倉涼子）は、真里谷（城田優）の心神喪失が認められ、無罪になる可能性が出てきたことを聞かされる。その上、田口（斉藤祥太）の自殺を止められなかったことを理由に、高林（大杉漣）からSITの任を解かれてしまう。桐沢（陣内孝則）にも庇ってもらえず、悔しさをかみ締める玲子。

玲子（米倉涼子）と澪（林丹丹）、かつての仲間である酒井（荒木宏文）、中村（倉貫匡弘）、浅川（高橋光臣）をある山荘に拉致した北岡（田中圭）は、桐沢（陣内孝則）に電話をかけると、真里谷（城田優）を連れて来ることを要求。北岡の目的は、真里谷らのグループから抜けようとしたためにみんなからリンチを受け、植物状態となったまま死亡した恋人・奈津子の復讐をすることだった。

10月とは思えない真夏の太陽が照りつけるその日、50代半ばにしての突然の解雇に腹を立て、雇い主に拳銃で発砲した男・園田（渡辺いっけい）が、車の中で自らに銃を突きつけ、篭城するという事件が発生した。園田との交渉に当たっているのは、宇佐木玲子（米倉涼子）たちSITのメンバー。玲子は汗まみれになりながら車の背後に張り付き、電話で必死の説得を続けるが、園田は銃口をアゴの下に当てたまま、いまにも引き金を引こうとしていた……。

密輸船から強奪された拳銃を都内の不特定多数の人物に送りつけた「サマー・クロース」を名乗る人物が、警察に接触してきた。玲子（米倉涼子）はかかってきた電話の内容から、声の主は拳銃を送りつけた犯人ではなく、少年による愉快犯と推理。さらに玲子は、その人物が公表されていない事実を知っていることから、警察内部情報がリークされていると判断。警視庁捜査一課の弓坂課長（浅野ゆう子）に進言するが、弓坂は玲子の先走った意見に不快感を露にする。

里吉流通グループの会長・里吉文雄（春田純一）の長男・春樹（吉岡澪皇）が何者かに誘拐された。玲子（米倉涼子）は、甘利（高岡蒼甫）射殺のショックを引きずりつつも、木崎（筧利夫）らと里吉家へと向かう。中学受験を前にした模試を受けるために家を出た春樹は、帰宅予定時刻になっても帰らず、その後、犯人から身代金1億円を要求する電話が入ったという。取り乱す母親の加奈子（渡辺典子）に対して、父親の文雄は犯人に対する怒りを露にする。

とあるレストランに、場違いな雰囲気の女性連れの男（平山浩行）が現れた。男は、入店を断る店員の制止を振り切ると、爆弾を手に店員や客に動くなと指示をする。連絡を受けた玲子（米倉涼子）らSITのメンバーは現場へ急行。人質になっているのはオーナーシェフ、男性2名、女性5名の客、そして犯人が連れて来た若い女性（南沢奈央）。犯人の男は、店内の電話回線を切断……。

5歳の少女が伝染病SAFS（サフス＝急性重症発熱症候群）に感染していることが確認された。メキシコからアメリカを経て世界に広がったSAFSだが、日本で感染者が出るのは今回が初めて。マスコミなどが騒然となる中、国内にわずかしかないワクチンが、少女の入院した病院に運び込まれる。だが、ワクチンが運び込まれた際、少女が入院している病棟が停電。そのわずかな間に、ワクチンは何者かによって盗まれてしまった。やがて病院にワクチンと引き換えに1億円を要求する電話が入る。

老人ホーム『みどりシニアホーム』で、入居者の老人たちとボランティアに来ていたアイドル歌手・tamaki（大江朝美）を人質にした立て篭もり事件が発生した。犯人は、ホームに出入りしている弁当配達員の三浦知之（中村優一）。入居者で人質のひとりである筒井則之（山田明郷）が持っていた猟銃を奪い、スタッフ食堂ホールに立て篭もったのだ。tamakiのマネージャー・伊藤（古本新乃輔）が食堂ホールを出た直後のことだった。