国際科学技術庁の進める地球エネルギー統括計画マントルプランの重要研究施設が次々と破壊され、著名な科学者が誘拐される事件が起きる。これがギャラクターの仕業だと気づいた南部博士は科学忍者隊に出動命令を下す。ゴッドフェニックスで出動したガッチャマンたちは巨大な雲を発見。その中にギャラクターのメカ鉄獣タートルキングがいることを発見する。国連軍によるミサイル攻撃にもビクともしないタートルキングはさらなる破壊を続け、いよいよ科学技術庁のあるユートランドシティに向かう。
ギャラクター基地の一つではないかと思われる場所が判明し、南部はその捜索を忍者隊に命じる。海底を捜索していたゴッドフェニックスを謎の光が襲う。空へ脱出したゴッドフェニックスを今度はギャラクターの戦闘機が襲い、ガッチャマンはG-1号機でこれを迎え撃つ。危うくギャラクターにやられそうになったガッチャマンを謎の戦闘機隊レッドインパルスが救う。捜索を続けるガッチャマンはビーシー島と呼ばれる小島にギャラクター基地への入口があることを突き止めるが、そこにはギャラクターの強力な戦士ジュピターが待ち伏せていた。
いよいよギャラクターの最終作戦が始まった。世界各国のギャラクター基地に設置された巨大メカが地球内部に食い込み、各地で天変地異が続発する。ギャラクターに降伏しなければ、地球が崩壊する。これを止めるためには、ギャラクター本部を破壊する以外ない。その頃、ジョーは過去の記憶を取り戻しつつあった。ギャラクターの両親から生まれ、ギャラクターの戦士となるべく教育されたのが、自分であることを知ったジョーは過去の記憶をたどり、ギャラクター基地に単身潜入するがカッツェに発見され、死の拷問を受けるジョーだが…。
