科学忍者隊ガッチャマン

世界各国で謎の巨大メカに貯蔵庫が襲われ,ウランが奪われるという事件が発生。国際科学技術庁（通称ＩＳＯ）の南部博士は,この事件が世界征服を企む悪の組織ギャラクターの仕業であると推測。健,ジョー,ジュン,甚平,竜の五人の少年少女によって密かに結成していた特殊部隊・科学忍者隊を招集した。南部博士から敵の本拠地捜索の指令を受けた忍者隊は,大型戦闘偵察機ゴッドフェニックスに乗り込み出動する。

宇宙から地球に眠る資源を探索、記録するアースコンパクト装置を積んだ有人ロケットが、地球へ帰還すると同時に着水地点から姿を消した。世界征服のためのエネルギー源として地球上の全てのウラン鉱の奪取を狙う、ギャラクターの犯行であった。南部博士の指令によって出動した科学忍者隊は、ゴッドフェニックスで海底を捜索中、突如発生した謎の大渦に襲われる。

不可解な旅客機墜落事故の調査のために飛行場を訪れた健は,死んだ機長の息子・誠と,その叔父に出会う。誠はいつか父親が戻ってくると信じ,毎日飛行場で待ち続けているのだという。更に調査を進めるため墜落現場を探索していた健は,空を飛ぶミイラのような巨人に襲われた。報告を受けた南部博士は,そのミイラ巨人には強力なエネルギーを放出する,プラトニウムＸが使用されていると分析する。

ギャラクターは鉄獣メカデゴンを使い、世界各地の地下資源を秘密裏に奪うという作戦を展開。資源の消失と同時に地震が発生するとの情報から、健は地震研究所を訪ねる。しかし、研究所の所長に話を聞いている途中、突如大地震が発生して所長が地割れに飲み込まれてしまった。墓前で彼を救えなかったことを悔やむ健。そこへ突然、健をギャラクターと思い込んで襲い掛かってきたのは、所長の娘ナオミであった。

沈没した船が集まる海の墓場と呼ばれる海域で、海洋開発船がギャラクターが操る幽霊戦艦に撃沈された。続いて海洋基地が襲われ、逃走する敵の潜水艦を追跡した科学忍者隊は、海の墓場で幽霊戦艦の大艦隊を発見。戦艦の内部に隠れていた戦闘円盤の大群と交戦になるが、敵の多さについにバードミサイルが尽きてしまった。その時、そこに現れた三機の赤い戦闘機が、次々と敵を撃破していく。

世界銀行の大金庫に保管されていた金塊が,ギャラクターの小型ロボット・ミクロスによって奪われた。敵の基地があると思われる無人島を探索していた健,ジュン,甚平の三人は,潜んでいたギャラクター兵に捕らわれてしまう。しかしそれは,基地を発見するための科学忍者隊の作戦であった。だが,他に仲間がいるのではと警戒したギャラクターに,海底に待機中であったゴッドフェニックスが発見されてしまった。