シーズン1、エピソード2: 宇宙から地球に眠る資源を探索、記録するアースコンパクト装置を積んだ有人ロケットが、地球へ帰還すると同時に着水地点から姿を消した。世界征服のためのエネルギー源として地球上の全てのウラン鉱の奪取を狙う、ギャラクターの犯行であった。南部博士の指令によって出動した科学忍者隊は、ゴッドフェニックスで海底を捜索中、突如発生した謎の大渦に襲われる。