ファイ・ブレイン 〜神のパズル

「決まってる！ パズルタイムの、始まりだ！」√（ルート）学園高等部1年生、大門カイトはミノタウロスという謎のギヴァー（出題者）から「賢者のパズル」への招待状を受け取る。解くのに失敗すれば死ぬかもしれない、危険な賢者のパズル。そんなパズルを放っておけないカイトは、ノノハとともに遺跡の地下に眠る巨大な迷路に挑戦する――。

「俺の稼ぎを邪魔するヤツは、タダじゃすまさねぇぜ！」カイトの前に、「ガリレオ」の称号を持つ逆之上ギャモンが現れた。「俺の頭脳は金になる」というポリシーでパズルを解いているギャモンは、自分の狙った財を解放してしまったカイトを目の敵にして、ことあるごとに挑発してくる。そのカイトの元へ新たな賢者のパズルへの招待が届くが、それを知ったギャモンは……。

「パズルなんて天才のやることじゃない」「エジソン」の称号を持つ天才中学生、キュービック・G（ガロア）は、カイトの才能に興味を持ち、人に役立つ共同研究をしようと誘ってくる。だが、パズルにしか興味のないカイトは、キュービックの言葉に全く耳を貸さない。そんなカイトに、キュービックは自分で発明した「パズルよけのお守り」を付けてしまう――。

「カイトは本当にパズルが好きなんだね」ソウジの依頼を受けて、「ダ・ヴィンチ」の称号を持つアナ・グラムと一緒に風景画家の家で「賢者のパズル」を解くことになったカイト。危険なパズルに他人を巻き込みたくないカイトだが、マイペースなアナの言動に振り回されてしまう。一方、カイトとアナが2人で行動することが気になったノノハは……。

「どうして……どうして知ってるんだ、このパズルを……」ビショップという男の案内でPOGの研究施設へ向かったカイトたち。POGジャパンの総責任者が、カイトとの対面を望んでいるというのだ。だが、施設で彼らを迎えたのは3つのパズルだった。それを解いた先に総責任者が待っているらしいのだが、自分にとって思い出深いパズルばかり出てくることに違和感をいだいたカイトは――。

「パズルが解けなくてもカイトはカイトだよ。大丈夫」オルペウスの腕輪の力によって感情が暴走し、パズルが解けなくなってしまった大門カイト。そこへ新たなギヴァー、鬼の手姫からの招待状が届く。しかし、カイトは招待状に書かれた単純な暗号すら解くこともできず、動揺する。その様子を見たノノハは、「辛かったらパズルをやめたらいいと思う」と励ますのだが――。