故郷・空守村を出て、枸雅匡平は東京で平凡な大学生活を送っていた。同じ学部の史場日々乃に告白をしようとするが、上手くいかずに酔いつぶれてしまう匡平。その帰りに、二人はエレベーターで残虐な死体を発見してしまう…。一方、ある事件を起こし村に幽閉されていた阿幾は、匡平が村から出たことを知り脱走していた。そして、案山子という神の人形を操る匡平の妹・詩緒も、阿幾を追うために上京してくる。

詩緒たちが、玖吼理という案山子の操縦訓練を川岸で行っていた。同じ頃、大学の真・科学部部室で爆発事件を起こし、空張久羽子と部員が気を失う。爆発音に気づいた詩緒は、玖吼理を操縦して2人の救助作業を始める。

玖吼理と武未禍槌の激闘により、2体の案山子は大きな損傷を負ってしまう。案山子は空守村でしか修理できないため、玖吼理を連れて匡平たちは村へ向かう。一方、詩緒にそっくりな男の子・桐生も日向家に戻った。