南洋に浮かぶ孤島｢萌えっ娘島｣は、無政府資本国家・萌えっ娘カンパニーのメイド訓練所である。訓練所所長の神埼貴広は、過去の戦いでその全てを失い、無気力な毎日を過ごしていた。そんなある日、かつて部下だった隷がアンドロイドメイドを連れてやってくる。旧式&ポンコツでドジなリニアは、やること為すこと失敗ばかり。しかし、そのひたむきで健気な姿は、次第に貴広の心を溶かしていくのだった・・・。 [SF/ファンタジー][恋愛/ラブコメ]
萌えっ娘島に新しいメイド少女、｢朝霧かずさ｣がやってきた。料理が得意で、いたずらが好きで、犬が苦手・・・・・かずさはまるで猫のようにクルクルと表情を変える。その言動に振り回される貴広だったが、不思議と嫌な気持ちはしないのだった・・・・・。老犬｢井上先生｣との交流を通して、ついに犬嫌いを克服するかずさ。しかしその頃、萌えっ娘島には謎の侵入者の魔の手が迫っていた！
カンパニー本社からリニアを“陰謀活動メイド”に育成せよとの命令が下された。しかし貴広は、リニアを守るため、敢えてその命令に背く。本社からの粛清部隊とたった一人で戦う決意を固め、全員を島から避難させる貴広。が、リニアたち萌えっ娘とおやじさんは、貴広と運命を共にすべく島に残るのだった。ついに本社から、アンドロイド兵の大部隊が萌えっ娘島に送り込まれてきた。必死に抵抗する貴広たちの運命は・・・そして、失われた貴広とリニアの記憶とは!?
