萌えっ娘島でメイド訓練所の所長を勤める貴広。常に排他的な雰囲気で、所員やメイド達に笑顔を見せることもない。そんな貴広の元を、かつて同僚だった隷が訪れた。隷は貴広に旧型アンドロイドのリニアに戦闘メイドの訓練を施すように依頼する。荷物を運んでも、掃除をしてもドジばかりのリニア。しかし、そのリニアの正直さ、純粋さが、貴広の頑なな心を解きほぐしていく。

貴広を護衛するため、本社監査室から朝霧かずさがやってきた。護衛など必要ないという貴広と、仕事だから護衛するというかずさ。けんか腰の二人を見かねて、秘書の霧島はしばらくの間シェフの資格も持つかずさに、厨房でメイド達と一緒に働かせることにする。かずさは、犬に追いかけらて大騒動をおこしたり、常に騒ぎの種。そんな様子に頭を悩ませる貴広だったが、護衛されなければならないようなことは何も起こっていないように見えて…。

カンパニー本社からリニアに“諜報活動メイド育成プログラム”を実施せよとの命令が下された。しかし貴広は、リニアを守るため敢えてその命令に背く。本社からの粛清部隊とたった一人で戦う決意を固めた貴広は、メイドや整備士達所員を巻き込まないように、全員を島から避難させる。しかし、貴広を慕うリニアやかずさ達は、一緒に島に残るのだった。ついに本社からアンドロイド兵の大部隊が萌えっ娘島に送り込まれた。必死に抵抗する貴広達の運命は…!?