地球エネルギー統括計画マントルプランの重要研究施設が次々と破壊され,科学者が誘拐される事件が発生。これが歴史の裏に暗躍する謎の組織ギャラクターの仕業だと気づいた国際科学技術庁の南部博士は,自らが編制した特殊部隊科学忍者隊に出動命令を下す。出動した彼らは巨大な雲の中に,ギャラクターのメカ鉄獣タートルキングがいることを発見する。
ギャラクター基地の一つではないかと思われる場所が判明し,南部博士はその捜索を科学忍者隊に命じる。海底を捜索していたゴッドフェニックスを謎の光が襲い,空へと脱出したゴッドフェニックスをギャラクターの戦闘機が襲撃する。健はG-1号機でこれを迎え撃つが,危うくギャラクターにやられそうになった彼を謎の戦闘機隊レッドインパルスが救う。
いよいよギャラクターの最終作戦が始まった。世界各国のギャラクター基地に設置された巨大メカが地球内部に食い込み,各地で天変地異が続発する。ギャラクターに降伏しなければ,地球が崩壊する。これを止めるためには,ギャラクター本部を破壊する以外ない。