A agente Daisy Johnson recorre aos Guerreiros Secretos para uma missão inaugural que não deixará ninguém incólume. Entretanto, a S.H.I.E.L.D. descobre algo mais sobre os poderes de Hive, levando-os a questionar todos aqueles em quem confiam.
Quando Coulson e a equipa descobrem um novo Inumano, a S.H.I.E.L.D. depara-se com outra organização que procura pessoas com poderes. Ainda a recuperar do desaparecimento dramático de Simmons, Fitz toma medidas drásticas para a encontrar.
Coulson está determinado a chegar até Gideon Malick e acabar com a HYDRA de uma vez por todas. Entretanto, Daisy e a equipa encontram mais Inumanos com poderes únicos.
A sede de vingança de Ward leva a S.H.I.E.L.D. ao limite e Coulson demonstra que é capaz de fazer o que for preciso para saldar as contas.
As forças da S.H.I.E.L.D. e da HYDRA enfrentam-se numa batalha que mudará para sempre o mundo de Coulson. Enquanto Daisy e a sua equipa de Inumanos lutam para manter a HYDRA à distância, tem lugar o confronto final entre Coulson e Ward.
