En el primer episodio de la tercera temporada, Beecher sigue en el hospital después de que Schillinger lo fracturara. Alvarez sigue en aislamiento por cegar a Rivera. Adebisi vuelve a la cocina y McManus comienza a salir con una nueva comandante.
Nadie sabe quién mató a Metzger. McManus contrata a su amigo Sean Murphy como comandante y crea un programa de boxeo. Hill enfrenta un dilema cuando un nuevo preso revela un horrible crimen. Adebisi le clava a Nappa con una aguja hipodérmica infectada con VIH.
En el programa de boxeo, O’Reily vierte alcohol en la botella de Robson antes de su pelea con Cyril. La madre de Rebadow intenta persuadirlo de ver a su hijo y nieto. Mientras tanto, Nappa descubre que el VIH positivo y es cambiado al pabellón E.
O’Reily y Keller planean ocuparse de Andrew. McManus resuelve la demanda por acoso sexual de Howell. Las condenas por asesinato de Hanlon son revocadas y se le permite volver con la población general, donde encuentra nuevos problemas.
Wangler “descubre” que su esposa y su amante fueron asesinadas en lo que parece una ejecución. Mientras tanto, Hernandez, Ricardo y Guerra queman a Poet y Pierce. Se produce el encierro y Wangler se encuentra vulnerable, y en una celda con Adebisi.
Con Cyril planeando encerrar a Pacamo, O’Reily piensa usar el truco de la botella de aerosol, pero primero debe lidiar con Cudney. Alvarez ve las fotos de Rivera sin ojos y enloquece. El nuevo compañero Nat Ginzburg se ofrece para ser el secretario de Nappa.
Ernie Hudson
Warden Leo Glynn
Terry Kinney
Tim McManus
Harold Perrineau
Augustus Hill
J.K. Simmons
Vern Schillinger
Eamonn Walker
Kareem Said