ウェールズの首都カーディフで、鋭利な刃物による連続殺事件が発生する。婦人警官のグウェンは、現場整理に借り出されるが、そこにトーチウッドと名乗る集団が現れ、捜査を仕切始める。そしてグウェンは、トーチウッドが何なのかを単独で探り始める。
トーチウッドのメンバーとなったグウェンだが、警察とは勝手が違い、なかなか役に立てない。カーディフ市に墜落した隕石を調査中に、グウェンの不注意により隕石からガス状の何かが出現し、盛り場で女性の体内に侵入する。
凶悪エイリアンが人質をとって逃走。間一髪でエイリアンを射殺したのは、行方不明になっていたジャックだった。その直後、時空の裂け目からキャプテン・ジョン・ハートが現れる。彼はジャックのタイムエージェント時代のパートナーだった。果たしてジョンの目的とは？
時空間の異常が世界各地で発生。過去からローマの兵士や、14世紀のペスト患者などが現れ、大混乱になる。全ての異常現象について発生場所を追跡した結果、それは時空の裂け目から発生していて、トーチウッドの基地が中心になっていた。
キャプテン・ジョン・ハートは、裂け目を開いてエイリアン達を解放、町中を爆破し、ジャックを拉致して姿を消す。グウェン達は事態を収拾すべく行動するが、爆発の影響で原子力発電所が制御不能に陥っていた。すべてはジャックに恨みを持つグレイの仕業だった・・・・・・。
