銀河鉄道物語

少年、有紀学（ゆうきまなぶ）の憧れは銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊〈SPACE DEFENSE FORCE〉通称“SDF”の精鋭シリウス小隊隊長である父親の渉（わたる）。学は今日も宇宙〈そら〉を眺めながら、父の帰還を心待ちにしていた。ある日、休暇のため、学が住む惑星タビトへ帰ってきた渉。しかし、親子の再会も束の間、シリウス小隊専用列車001〈ビッグワン〉にスクランブルがかかる。父との別れに落胆する学と兄の護（まもる）は、ふとしたことからビッグワンへと乗込み、渉と共に危険な宇宙へと出発してしまう…。

父や兄の遺志を継ぎ、SDFへの入隊に合格した学は、引き止める母カンナを説き伏せ、一人銀河鉄道550号に乗り込み故郷タビトに別れを告げる。学は同じ列車で出遭った少女で同じくSDFへ入隊するルイと共にSDFの本拠地“惑星ディスティニー”へと向かうが、途中、“時の結び目”と呼ばれる時空のひずみに引き寄せられ、宇宙海賊たちと戦う兄でSDF最強部隊“スペース・パンツァー・グレネーダー”の一員、護と出遭うのだった…。

SDFに入隊した学は父親の渉と同じシリウス小隊に配属された。そこで待っていたのは新入りの学に対して冷たい態度をとる先輩のブルース。落ち込んでいる学に620号列車で立てこもり事件発生との連絡があった。隊長のバルジから、ブルースとのコンビで作戦遂行を命じられた学は、犯人に銃を突きつけられ車内で泣き叫ぶ赤ん坊とその母親の悲鳴に衝動を抑えきれず、突入の合図の前に一人車両に踏み込んでしまう…。

惑星メリディエス。ここは夜の闇に忘れられた光の星。この惑星に住むテリーは亡き恋人の面影を求め、その星に一瞬だけ訪れる夜にやってくるという幽霊列車へと乗り込み失踪する。兄テリーを引きとめられなかった妹のジェインは、SDFへ兄の救出を要請。シリウス小隊が現場へと向かうが、憔悴しきったジェインは学たちの制止を振り切り幽霊列車へ乗込もうとし、それを追う学とルイもまた幽霊列車の中へと吸い込まれていくのだった…。

惑星リオグランデ軌道上。無人貨物列車873号に突然の事故が起こり、873号は地表へと墜落してしまう。シリウス小隊は直ちに墜落した873号の牽引・回収任務にあたるが、突如、ビッグワンが謎の故障に見まわれ、学とデイビッドが残りその修理にあたることになる。修理中の学が隙を見せた瞬間、突然襲いかかる謎の人影。不意打ちを食らった学の前に立っていたのは、宇宙海賊ガイとその仲間たちだった。やがてガイたちはビッグワンを強奪、デイビッドが人質に取られてしまう…。

大マゼランゆき特急列車323号が突然淡く光る謎の液体に包まれ大爆発を起す。この未曾有の大事故にSDF本部は、シリウス小隊、スピカ隊、べガ隊を派遣、救助にあたらせる。現場に広がる目を覆うばかりの惨状。やがてたった一人の生存者である少女を救出した学たちだったが、ユキの介護も虚しく少女は息を引き取る。その少女の死に父の最期を見た学は大きく動揺、取り乱した学に対しバルジは謹慎を言い渡すのだった…。