ダンナーベースに所属するスーパーロボ「ゴーダンナー」のパイロットの猿渡ゴオは、擬態獣との最終決戦で、パートナーであり恋人だったミラを失う。その時命を救われたのは、12歳の葵杏奈だった。5年後、再会した2人は恋人同士になる。ミラとの過去を吹っ切り、杏奈との結婚を決意したゴオは、結婚式を計画するが…。

なんとか結婚した杏奈とゴオ。甘い新婚生活が始まるはずだったが、ゴオのパートナーを目指す杏奈は、ダンナーベースで訓練を受けていた。ミラを失ったトラウマから、杏奈をパイロットにさせたくないゴオは、厳しい訓練に疲れ、家事や学業を疎かにしている杏奈に辛くあたる。そんな時、杏奈の学校に擬態獣が現れて…。

マレーシア領ディオマン島沖。台風に隠れてやって来た巨大な擬態獣が、突然暴れだした。緊急に駆けつけたのは世界各国のパイロットたち。そこに、ハネムーンでやってきたゴオと杏奈は、擬態獣と戦う彼らの勇姿を目の当たりにする。戦うことの厳しさを知り、杏奈はゴオのパートナーとなる決心をますます固めるのだった。

ダンナーベースで生活している杏奈とゴオ。そして、ゴオに想いを寄せる静流は、2人の存在が気になって仕方なかった。ドジばかり踏む杏奈に辛くあたってしまう静流。なんとか静流に気に入られようと、一所懸命に努力する杏奈だったが、そんな中、静流に移籍の話が舞い込んでくる。

杏奈と友達が休み時間を屋上で過ごしていると、空から流れ星が降ってきた。学校を抜け出し現場に駆けつけた杏奈は、コスモダイバーの中で気を失った美少女ルウの姿を見つける。コスモベースを擬態獣に襲われ、父と離れ離れになってしまったと言うルウを伴い、ダンナーの仲間たちは擬態獣を倒すため宇宙に向かう。

ミラを失った5年前の戦いの悪夢にうなされるゴオは、ある日霧子から衝撃的な事実を打ち明けられる。5年前の戦いで死亡したと思われていた戦友マックスと、かつての恋人ミラが生きていたというのだ。しかし、ミラは記憶も知識も全く失ってしまっていた。そんなミラの存在に戸惑いを隠せないゴオだったが…。