赤城町に住む高校生の大和は、ケンカ騒動を起こして留置場の中にいた。そこに同級生の輝が現れ、留置場から出す代わりに請け負ってほしい案件があると伝える。ケンカ相手の龍吾と指定の場所に向かうが、輝に不良たちをけしかけられる事態に。乱闘に勝利し、地下に連れていかれた大和たちが見たものは、目を疑うような衝撃的な光景だった。

ムサシに乗り込み、シェルターを出撃する大和、輝、龍吾の3人。シェルターの外は、異星人たちとの熾烈を極める戦場だった。その状況の中、ムサシの性能により戦果をあげていく大和たち。しかし、異星人たちの戦闘機体は、驚くべき変化をして襲い掛かってくる。

転校生の雨宮は、つねに猫と行動を共にして同級生に気味悪がられていた。ある日、逃げ出した猫を追いかけてオブリビオンベイに迷い込む。誘導されるかのように新型ローグのコックピットに乗り込んだ雨宮は、猫を乗せたまま自動操縦で戦場へと出撃してしまう。

首脳会議で、イクシアを浮上させて伝説の地サンクチュアリに向かう計画を説明する南。しかし、そのためには高度な操船システムが必要だった。そんな中、新型ローグの様子を見ようとオブリビオンベイに侵入した金田一と康太は、デュークに見つかってしまう。