浅間山に謎の巨大宇宙生命体が現れ、日本軍は壊滅的打撃を受けていた。死んだはずの早乙女の下、集結するドラゴン軍団。それを迎え撃つBT-23だったが、力の差は歴然としていた。武蔵と弁慶、そして早乙女殺しの容疑で投獄されていた竜馬は、自らの目で早乙女博士の復活を確かめ、その野望を阻止しようと立ち上がる。

遂に完成した早乙女の野望・真ドラゴン。2号機、3号機を失った竜馬は、残った1号機を自爆させ早乙女を殺そうと試みるが、早乙女の乗るドラゴンにそれを阻まれてしまう。絶体絶命の竜馬は、その時地中から現われたゲッター2とゲッター3に助けられる。ところが、逃げだす早乙女ドラゴンにインベーダーが食らいつき…。

異常なゲッターエネルギーに反応し、国際機密連合より発射された巨大ミサイル。インベーダーの襲来や早乙女の陰謀、巨大恐竜の出現の全てを知っているようなコーウェンとスティンガー。全てが彼らの仕組んだ罠の如く、浅間山には重陽子ミサイルが迫っていた。竜馬たちは真ゲッターでミサイルの爆破を阻もうとするが…。

真ドラゴンが崩壊し、世界全土がゲッター線に汚染されてから13年。生き残った人々は地下で生活をしていた。そして今、弁慶とケイたちの出現で時が動き始める。地上に出た彼らの眼前では、インベーダーとスーパーロボットの戦いが繰り広げられていた。自分たちの他に生き残った人類が奮戦していた事に驚くケイたちは…。

突然、ランバートがインベーダーへ変体した。対処する間もなく、刺される弁慶。一方、戦い続けていた隼人率いる反乱軍は、余りのインベーダーの強さに撤退を余儀なくされる。そして今度は、BT-23で偵察に出ていたガイたちがインベーダーに襲われる。その時、ゴウ、ケイ、弁慶の乗った真ゲットマシンが駆け付ける。

隼人の指揮する反乱軍のスーパーロボットたちは、メタルビースト・バロゾフを前に苦戦していた。そこに真ゲッター1、そして真ゲッター3で応戦し、メタルビーストを倒すゴウ、ケイ、ガイ。一方、その真ゲッターのパワーにほくそ笑むコーウェンとスティンガーたち。そしてその後ろには早乙女の姿が!!