世界各地で暴れる巨大怪獣たち。サイボーグ戦士たちは平和な日常を捨て、怪獣たちを倒すべく再び結集する。その旅の途中で記憶喪失の少女・ヘレナと出会う009だったが、実は彼女にはある秘密が…？ そして、暗躍する黒い幽霊団との戦いの行方は…。