物語の舞台は、2013年の現代。ロンドン、モスクワ、ベルリン、ニューヨーク、上海……大都市の超高層ビルが次々と崩壊するという、同時多発爆破事件が発生。いつ、誰の意思で計画されたかもわからない無差別テロは、世界を不安とパニックに陥れていた。かつて世界が危機に陥るたびに、人々を救った9人のサイボーグ戦士がいた。その役目を終え、各々の故国へ帰っていたゼロゼロナンバーサイボーグ達は生みの親であるギルモア博士からの呼びかけによって、再び集結しようとしていた。一方、ゼロゼロナンバーサイボーグのリーダーである日本人、009こと島村ジョーは、過去の記憶を消し、東京・六本木でひとり暮らしていた。サイボーグ戦士最後の切り札であるジョーは、ギルモア博士によって30年間、3年に一度、記憶をリセットされ、高校3年間を繰り返していたのだ。全世界同時多発爆破事件の犯人とは？ ヒーロー不在の時代、彼らは、誰がために戦うのか？ 彼らが立向かう、新たな時代の「正義」とは？ ジョーの記憶が呼び覚まされた時、ゼロゼロナンバーサイボーグの、新たな戦いが始まる！