早乙女研究所を受け継いだ神隼人は謎の敵から地球を守るためD2部隊を組織していた。一方、母の仇を追う流拓馬は手掛かりを追い、相棒の山岸獏と共に早乙女研究所を目指していた。

隼人は拓馬と獏にカムイと共にアークのパイロットに成れという。そんな中、早乙女研究所の上空に突然、時空転位ポイントが開き、敵の大軍団が襲来する。

敷島博士の防衛システムの発動と同時に、拓馬、カムイ、獏のゲットマシンが発進する。凄まじい砲撃が交錯する中、アークに合体した拓馬は敵の大軍団に立ち向かう。

“ゲッター線”研究の中に敵の転位システムを解明するヒントがあると直感する隼人。拓馬、獏、カムイは、何者かに誘われたかのように旧研究所区画へのゲートで合流する。