마다가스카의 펭귄

동물들은 관람객들이 던져 주는 팝콘 맛에 푹 빠졌다. 하지만 앨리스는 동물들에게 먹을 것을 주지 못하도록 철저히 단속을 한다. 맛좋은 팝콘을 더 이상 먹을 수 없게 된 동물들은 팝콘을 구하기 위해 회의를 한다. 스키퍼와 줄리언은 서로 팝콘을 구해오겠다고 큰소리를 치고, 펭귄들이 창고를 습격하여 팝콘을 구한다. 하지만 딱딱한 옥수수 알갱이를 어떻게 해야 팝콘이 되는지 알지 못한다. 한편, 앨리스는 펭귄들이 창고에서 팝콘을 훔쳐냈다고 생각하고, 펭귄 우리를 습격한다. 스키퍼는 증거를 없애기 위해 옥수수 포대를 소각로에 넣는다. 동물원에는 때 아닌 팝콘 소나기가 쏟아진다. // 여우원숭이 우리로 관람객의 카메라가 날아든다. 줄리언은 하늘의 신령이 보내준 선물이라 믿는데, 실수로 플래시가 터지면서 모리스가 우리 밖으로 떨어진다. 줄리언은 카메라 액정 화면에 보이는 모리스의 모습을 보고, 마법의 상자에 모리스가 갇혔다고 생각한다. 펭귄들은 사라진 모리스를 찾아 나서고, 뉴저지의 쓰레기장에 있는 모리스를 동물원으로 데려온다. 한편, 모리스가 그리워진 줄리언은 제발 모리스를 돌려달라고 하늘의 신령께 빈다. 펭귄들이 모리스를 무사히 돌려보내 주지만, 줄리언은 하늘의 신령이 자신의 소원을 들어 준 것이라 굳게 믿는다.

동물원에 웹캠을 설치하여, 인터넷으로 인기 동물을 뽑는 행사를 시작한다. 감시당하는 것이 달갑지 않은 펭귄들은 보는 사람들을 지루하게 만드는 작전을 편다. 반면, 줄리언은 인터넷 스타로 뽑히고 싶어서 안달이 난다. 가만히 있기 작전 때문에 배가 고파진 프라이빗은 실수로 우스꽝스럽게 미끄러지고, 순식간에 인터넷 스타가 된다. 스타가 된 프라이빗은 따로 마련된 무대로 이사를 가게 된다. 스키퍼와 펭귄들은 프라이빗을 구하러 나서지만, 프라이빗은 그곳에서 행복한 생활을 하고 있다. 스키퍼는 프라이빗이 세뇌됐다고 생각하며 기지로 데려온다. 이런 소동 끝에 동물원 최고의 인기스타가 새로이 탄생한다. 그 주인공은 과연 누구일까? // 동물원 측은 관람객이 적은 월요일을 ′펀데이′로 지정하여 즐거운 행사를 한다. 말린은 ′펀데이′에도 훈련을 하고 있는 스키퍼에게 놀 줄도 모른다고 빈정대고, 기분이 상한 스키퍼는 잘 놀 수 있다고 우긴다. 줄리언의 풍선 놀이터에서 놀던 스키퍼는 ′송곳꽂기′기술을 보이다가, 줄리언의 왕관을 하수구에 빠뜨린다. 말린 새 왕관을 만들어 준다며 줄리언을 달래고, 펭귄들은 왕관을 찾아 나선다. 하수구 속에 사는 쥐들의 왕과 결투를 벌여 왕관을 찾아 온 스키퍼. 과연 줄리언은 왕관을 찾아다 준 스키퍼에게 고마워할까?

스키퍼는 이웃사촌이랍시고 늘 민폐를 끼치는 줄리언에 질려 휴가를 떠나기로 한다. 목적지는 여우원숭이가 살지 않는 달나라다. 로켓을 발사해 달로 향하지만, 굶주린 도둑고양이가 살고 있는 건물 옥상으로 떨어진다. 고양이는 펭귄들을 잡아먹기 위해 친절을 베풀고, 펭귄들은 인심 좋은 달괭이에게 융숭한 대접을 받았다고 생각한다. 스키퍼는 오래 폐를 끼치는 것이 싫어 곧 고양이의 집을 떠나고, 생선 통조림까지 선물로 준다. 다시 지구로 돌아와 보니, 줄리언은 펭귄들이 없는 틈에 TV를 가져가고 있는 중이다. 과연 스키퍼는 친절한 달괭이처럼 줄리언에게 아량을 베풀 수 있을까? // 한밤중, 펭귄들은 말린의 비명 소리에 잠을 깬다. 말린의 집으로 달려가 보니, 귀신 소리 때문에 깼다고 한다. 줄리언이 노래와 춤으로 귀신을 쫓을 수 있다고 호언장담하지만, 귀신 소리는 계속 난다. 소리가 나는 하수도 속으로 내려가게 된 말린과 스키퍼. 그곳에서 둘은 귀신 소리를 내는 커다란 괴물을 발견한다. 하지만 뜻밖에도 그 괴물은 말린을 두려워한다. 하수도 속에 덩치 큰 괴물은 과연 누구이며, 왜 말린을 그리도 두려워하는 것일까?

모트 인형은 동물원 기념품점에서 가장 인기 있는 상품이다. 모두들 모트 인형에 열광하자 기분이 상한 줄리언은 모트 인형들을 스컹크 우리에 넣어 고약한 냄새가 나게 만든다. 지독한 냄새 때문에 인형은 공장으로 반품되는데, 진짜 모트까지 인형 틈에 섞여 공장으로 보내진다. 펭귄들이 모트를 구하기 위해 공장으로 잠입하지만, 생각보다 만만치가 않다. 불량품을 폐기하는 기계에서 빠져나오지 못하고 쩔쩔매는 펭귄들을 뜻밖의 동물이 나타나 구해 준다. 동물원 친구들은 과연, 모두 무사히 동물원으로 귀환할 수 있을까? // 줄리언은 동물들은 모아놓고 ′줄리언 대왕의 날′을 준비하라 명한다. 시큰둥한 반응을 보이는 다른 동물들의 협조를 얻기 위해 모리스는 사탕이 가득 든 ′종이 박′을 이용한다. 줄리언의 비위를 잘 맞춰 주면 ′종이 박′속에 들어 있는 사탕을 마음껏 먹게 해 준다는 것이다. 사탕이 먹고 싶은 동물들은 모두 모리스의 말에 따라 줄리언의 비위를 맞춘다. 케이크까지 만들어 줄리언에게 바치고, 모든 게 순조롭게 진행되는 듯 했는데, 스키퍼가 나타나 ′줄리언 대왕의 날′따위는 없다고 호통을 친다. 사탕을 먹겠다는 동물원 친구들의 꿈은 모두 물거품이 되는 것일까?

말린이 우연히 발견한 알을 펭귄들에게 가져온다. 스키퍼는 특수부대가 할 일이 아니라고 거부하지만, 알을 돌보는 수컷 펭귄의 본능이 발동한 펭귄들은 저마다 성심껏 알을 돌본다. 특히 프라이빗이 가장 다정하게 알을 품어준다. 한편 줄리언은 그 알이 하늘에서 자신에게 내려준 후계자라고 생각하고, 알을 빼앗기 위한 계략을 세운다. 줄리언의 계략으로 펭귄들은 알을 잃어버리게 되고, 알 찾기 작전에 나선다. 과연 펭귄들은 사랑하는 ′알동이′를 지켜낼 수 있을까? // 줄리언의 음악 소리 때문에 잠을 잘 수 없는 스키퍼는 견디다 못해 건전지를 훔쳐 도망친다. 줄리언은 건전지를 빼앗기 위해 스키퍼의 뒤를 쫓고, 둘은 얼떨결에 캥거루 조이의 우리 속으로 들어가게 된다. 조이는 자신의 우리에 무단침입한 스키퍼와 줄리언을 마구 때린다. 둘은 힘을 합쳐 조이의 우리에서 빠져나갈 작전을 세웠으나, 줄리언만 건전지를 갖고 빠져나간다. 혼자 조이의 우리에 남겨져 얻어맞고 있는 스키퍼. 줄리언은 끝까지 스키퍼를 모른 척하고 혼자 빠져나갈 수 있을까?

펭귄들이′깃발 뺏기′ 훈련을 하는 것을 보고 승부욕이 발동한 줄리언이 내기를 제안한다. 처음에는 스키퍼가 받아들이지 않지만, 끈질긴 줄리언에게 질려 결국 내기를 시작한다. 예상 외로 줄리언이 승리를 하고 펭귄들의 TV를 가져간다. 오기가 난 스키퍼는 계속 재도전을 하고, 결국 모든 살림살이를 잃고 만다. 여우원숭이들이 계속 이기자 이상하게 생각한 코왈스키는 마침내, 줄리언의 승리 비법을 알게 되고, 서로의 모든 것을 다 건 최후의 내기를 하게 된다. 최후의 승자는 과연 누가 될 것인가? // 줄리언은 누구든 자신의 발을 만지면 영원히 추방시켜 버리겠다고 선언한다. 줄리언의 발을 사랑하는 모트는 죽을힘을 다해 참아보지만, 결국 줄리언의 발을 만져 추방당하고 만다. 발에 지나치게 집착하는 모트의 병을 치료하기 위해 펭귄들이 나선다. 혹독한 훈련을 통해 모트는 발이라면 질색을 하게 된다. 그런데, 줄리언이 공중에서 떨어지는 사고가 발생하고, 모트가 줄리언의 발을 잡아야만 줄리언이 살 수 있는 상황이 닥치고 만다. 위기일발의 순간, 발을 싫어하도록 철저히 훈련받은 모트는 줄리언을 구할 수 있을까?