Está programada la fecha de pena de muerte de Lincoln Burrows por un asesinato que su hermano menor Michael está convencido de que no cometió. Sin otras opciones ni tiempo, Michael toma medidas drásticas para ser encarcelado junto a su hermano. Una vez dentro, Michael, un ingeniero estructural con los planos de la prisión, comienza a ejecutar un elaborado plan para sacar a Lincoln y demostrar su inocencia.
Se muestran las historias de los integrantes del equipo previo al ingreso a la cárcel. Lincoln es parte de una conspiración en su contra. Michael se da cuenta del afecto que su hermano siente por él. También se muestra como Sucre, T-Bag y C-Note llegaron a la cárcel.
Mientras las tensiones raciales aumentan dentro de la prisión y Veronica indaga en el caso de Lincoln, Michael intenta conseguir un medicamento que le ayude a dar positivo en la prueba de diabetes y asegurar un perno grande que pueda usar en su plan de escape.
Con la prueba de que su plan de escape está funcionando, Michael debe prepararse para superar los límites verticales de su último obstáculo. A medida que se acerca el intento de fuga, el grupo trata de reducir su número en uno. Fuera de los muros de la prisión, LJ se escapa para asistir al funeral de su madre y Veronica recibe una llamada de una fuente improbable que arroja algo de luz sobre el caso.
Cuando Haywire adivina la intención de los planes de Michael, retrasa aún más su planificación para escapar. Mientras tanto, Sucre cambia de opinión y las pesadillas de Lincoln sobre su ejecución se intensifican. Fuera de los muros, Veronica se une a un abogado defensor que puede ser impulsado por algo más que la justicia.