Penguin sufre un revés por el asesinato de Galavan, y Gordon y Bullock investigan la ola de desapariciones de cuerpos de Victor Fries (Nathan Darrow), un ingeniero en criogenia de Gotham.
Mientras que Gordon, Bullock y Barnes buscan a Victor Fries, Penguin conoce a Hugo Strange (BD Wong) y Alfred le revela información esencial a Bruce sobre el asesinato de sus padres.
Danny y Báez fueron asignados temporalmente nuevos compañeros cuando un oficial no está y la pareja no viajará con él.
Gordon, Bruce y Lucius permanecen en Indian Hill, y Gotham recibirá a una amenaza nueva cuando los reclusos de Hugo Strange conciban un plan para escapar en el final de la segunda temporada.
Cuando secuestran a Bruce Wayne, Gordon debe acudir a unos aliados peligrosos e inesperados. En esta batalla de villanos, no todos saldrán vivos en el final de la temporada.