Una noche un estudiante llamado Yasaka Mahiro es atacado por un misterioso monstruo. En ese momento de necesidad, una chica de pelo plateado y ojos verdes acude en su ayuda. "Soy el caos que repta hacia ti con una sonrisa, Nyarlathotep!". Es la deidad de los Mitos del Cthulu, y dice que ha venido para proteger a Mahiro. Sin embargo, acaba viviendo en casa del muchacho y se dedica a ir a tiend...

Un nuevo día, un nuevo ataque de los misteriosos monstruos de Nightgaunt, y otra victoria para Nyaruko y su CQC espacial. Para derrotar a todos los enemigos de una vez, Nyaruko y Mahiro se dirigen a la base de los mismos en R'lyeh y al llegar allí se encuentran con Cthuga, la llama viviente.

Mahiro va en busca de su madre, pero se encuentra con una gran sorpresa, ¿Podrán llevarla a salvo a casa?

Pasar una noche con Nyaruko le trae consecuencias algo molestas a Mahiro que lo acompañan durante todo un día en el que se supone debería descansar.

Luego de un día de compras. Mahiro se entera que la Tierra corre peligro porque el Mundo de los Sueños está inactivo. Esto le trae repercusiones un tanto problemáticas.

Nyaruko en el cuerpo de Mahiro ha hecho otro caos en su vida, pero eso no es lo único que le preocupa a Mahiro cuando la Tierra está en peligro de ser destruída.