Vor langer Zeit haben die Menschen mit dem Elfenkönig Balor Frieden geschlossen; doch dieser ist nun in Gefahr. Denn Balors Sohn, Prinz Nuada, will die unbesiegbare Goldene Armee seines Vaters wiedererwecken und mit ihrer Hilfe die Macht an sich reißen. Hellboy und sein Team, unterstützt von Prinz Nuadas Zwillingsschwester Nuala, werden geschickt, um seine Pläne zu vereiteln. Dabei bekommen sie es mit Goldenen Kriegern, Zahnfeen, Trollen und allerlei anderen phantastischen Wesen zu tun.